平成13年には、たびたびの改正で株式譲渡益に対する課税制度が変わりました。平成13年度改正による源泉分離課税制度の適用期限の延長、4月の緊急経済対策によって創設された「長期所有上場株式等の少額譲渡益の非課税制度」、10月に行われた「申告分離課税の見直し」と「緊急投資優遇措置」の創設です。

まず、上場株式等の源泉分離課税の適用期限は、13年3月の改正時には平成15年3月31日までとされていましたが、その後の秋の改正で前倒し廃止が決定し、平成14年12月31日までとされました。したがって平成15年からは申告分離課税のみとなります。

次に、4月の緊急経済対策で、所有期間が1年を超える上場株式等を譲渡して申告分離課税を選択した場合に、売却益から100万円を控除するという少額譲渡益の非課税制度が新設されました。平成13年10月から実施されています（適用期限は17年12月31日まで）。ただし、売却益が100万円を超える場合には源泉分離課税を選択した方が有利となることもあるので注意が必要です。

そして、秋の臨時国会で行われた改正です。この改正では、上場株式等の申告分離課税の税率引下げが行われたほか、譲渡損失の繰越控除制度、購入価額1,000万円までの特定の上場株式についての譲渡所得を非課税とする特例（緊急投資優遇措置）、平成13年9月30日までに取得した上場株式等の取得費の特例が新たに設けられました。

取得費の特例は、平成15年から22年の間に譲渡した上場株式等で、平成13年9月30日以前に取得したものの取得価額は、実際の取得価額と平成13年10月1日の価額の80％相当額のどちらか有利な方を選択できることになっています。

相続で取得したため取得価額が不明というケースや、株式の購入価額が売却額の5％に満たないケースなどでは、この特例の適用で取得価額を引上げ売却益を圧縮することが可能となる場合もあります。